Le culte de ninja est à l’origine et est basé sur la romance liée à la vie d’espions et d’assassins dans le Japon historique. La légende raconte qu’au 4 e siècle, un prince, Yamato Takeru, monarque légendaire qui était traditionnellement considéré comme le 12e empereur du Japon déguisé en une belle jeune fille assassina deux chefs de tribu de la tribu Kumaso. Au 14 e siècle, il est fait référence à un ninja ou à un shinobi hautement qualifié, qui aurait détruit un château par le feu. À partir du 15 e siècle, les espions ont été officiellement formés et le mot shinobi a défini un groupe d’espions secrets. La stratégie a également été reprise par l’armée chinoise.
Au 15 ème siècle, des ninjas ont été embauchés pour des raids. Ils étaient des terroristes et des pyromanes par excellence. En revanche, les samouraïs du Japon se sont livrés à des duels ouverts. Mais pendant la période difficile de la période Sengoku, la demande de ninjas était forte et la respectabilité négligée. Les ninjas devinrent des espions, experts en attaques en embuscade et en agitations croissantes. Il y avait des familles de ninjas qui formaient de grandes guildes ayant chacune son propre territoire. En leur sein, il y avait un rang avec le jonin étant l’homme supérieur, le chunin étant l’homme intermédiaire et les assistants étant le jonin. Le plus bas était l’homme inférieur ou genin. Ces derniers ont été recrutés dans les rangs inférieurs et envoyés au premier plan des ennuis.
Après le siège d’Osaka en 1614, les ninjas sont de nouveau employés. Miura Yoemon était un ninja employé par le seigneur de guerre Tokugawa. Il a embauché d’autres ninjas des clans Iga et en a envoyé dix au château d’Osaka. Il convient de mentionner ici que les ninja sont issus de clans. Dans l’ancienne province pré-moderne d’Iga vivaient les clans Iga et Koga. Dans cette région, les villageois étaient principalement occupés à être formés pour devenir des ninjas. Après une victoire aussi décisive, les ninjas Iga devinrent des gardes du territoire intérieur du château d’Edo, près de Tokyo moderne. Les ninjas du clan Koga ont obtenu des rendez-vous au sein de la police et ont aidé à garder les portes extérieures du château. À cette époque, le Japon était à l’origine connu sous le nom d’Ozakajo. Osaka a joué un rôle important dans l’unification du pays au 16 esiècle.
Les ninjas ont joué un rôle crucial lors de la rébellion paysanne connue sous le nom de rébellion de Shimabara au 17 e siècle. Les paysans étaient en grande partie chrétiens. Les ninjas Koja étaient employés par un shogun – une personne de rang militaire.
Dans les premières années du XVIII e siècle, le shogun Tokugawa Yoshimune créa une agence de renseignement, Oniwabanshu, composée de ninjas. Il a sécurisé des informations pour des raisons de sécurité nationale. Le groupe composé de ninjas onmitsu qui ont découvert toutes les activités des daimyos et des fonctionnaires.
Les daimyos étaient de puissants chefs de guerre à l’époque médiévale qui régnaient sur la majeure partie du pays à partir de leur immense propriété foncière héritée. À la fin du XVI e siècle, Oda Nobunaga a conquis agressivement près du tiers des autres daimyos et, après avoir envahi la province d’Iga, a exterminé les clans de ninja organisés. Les survivants ont fui et se sont dispersés. Dans certains endroits, ils ont été les bienvenus pour des raisons évidentes. Beaucoup se sont réfugiés dans les montagnes Kii.
Le ninja était spécialisé dans les méthodes de guerre non orthodoxes en utilisant des armes de ninja traditionnelles . Avec l’aide des ninjas, les seigneurs de la guerre du Japon médiéval ont exterminé leurs ennemis et établi leur domination.